Niepożądane odczyny i powikłania dzielimy na dwie grupy: Jedne z nich powitają w miejscu szczepienia. Należą do nich: jałowe ropnie podskórne otorbione, jałowe ropnie podskórne ulegające perforacji i tworzące owrzodzenia, owrzodzenia powyżej 10 mm średnicy, wytworzone keloidy i wreszcie zakażenia dodatkowe w miejscu szczepienia. Inne znowu powstają w węzłach chłonnych korespondujących z miejscem szczepienia.

Klinicznie rozróżniamy dwa rodzaje powiększenia węzłów chłonnych: miernego stopnia – Określane przez niektórych jako „wzmożony odczyn poszczepienny” – wielkości orzecha lub małej śliwki, elastyczne, niebolesne, cofające się bez serowacenia i perforacji oraz dużego lub miernego stopnia, ale ulegające scrowaceniu i perforacji, z możliwością nawrotów po krótszym lub dłuższym czasie i zwapnień. Powiększenie węzłów chłonnych powstaje najczęściej między 2 a 4 mies. po szczepieniu, czasem jednak i później. Serowącenie węzłów chłonnych, tworzenie się przetok ze skłonnością do nawrotów jest istotnym powikłaniem po szczepieniu BCG (ryc. 200).