Nasilenie procesu i obraz kliniczny tej postaci u dzieci może przedstawiać dużą rozpiętość objawów. Najczęściej przebieg jest łagodny, objawy skąpe. Zjawiające się bóle brzucha, gorsze samopoczucie, stany podgorączkowe i czasem wolne stolce są mylnie interpretowane przez otoczenie, a nawet lekarza. Z czasem wykonane zdjęcie radiologiczne jamy brzusznej ujawnia zwapnienia, które wyjaśniają przyczynę choroby. Niejednokrotnie postać ta może przebiegać z objawami imitującymi ostre lub podostre zapalenie wyrostka robaczkowego i dopiero w czasie zabiegu operacyjnego zostają ujawnione powiększone lub serowate węzły chłonne krezkowe.
Gruźlica przewodu pokarmowego powstała drogą naczyń chłonnych lub krwionośnych towarzyszy zazwyczaj innym postaciom gruźlicy pierwotnej lub popierwotnej, w których dochodzi do wysiewów w jelitach lub na otrzewnej. W obu tych postaciach może dojść do wysiękowego gruźliczego zapalenia otrzewnej.
