Leki tzw. zastępcze stosuje się bardzo rzadko, dzieci bowiem tolerują leki klasyczne bardzo dobrze. Leki zastępcze stosuje się u dzieci w przypadkach udowodnionej lekooporności pierwotnej lub wtórnej na leki klasyczne.
W gruźlicy ostrej, zwłaszcza krwiopochodnej, gdy leczenie lekami klasycznymi nie daje dostatecznej poprawy lub w przypadkach pogorszenia w toku leczenia przy podejrzeniu lekooporności, należy wprowadzić leki zastępcze. Leki zastępcze można stosować jedynie w lecznictwie zamkniętym, ze względu na ich stosunkowo dużą toksyczność. Najczęściej używane jest skojarzenie RFP z INH lub z EMB i CS z ETA. VM i KM u dzieci na ogół nie stosuje się ze względu na dużą toksyczność.
